A doktori képzés két nagy (képzési és kutatási, valamint kutatási és disszertációs) szakasza során nyolc aktív félév alatt összesen 240 kreditet kell teljesíteni, megfelelő elosztásban. A negyedik aktív félév végén sikeres komplex vizsgát tevő doktorandusznak három éve van a disszertáció leadására (ami további egy évvel – kérelemre – meghosszabbítható). Ezután, műhelyvitát és nyilvános vitát követően a fokozatszerzés doktori (PhD) oklevél szerzésével zárul. A képzés öt nagy alprogramra épül, ezek a következők:
A Zsidó Vallástudományi Doktori Iskola témakiírói megtekinthetők az Országos Doktori Tanács honlapján.